培训认证部是协会秘书处负责培训和实施的职能部门，具体承担培训市场研发、培训规划制定、培训和水平测试的组织及师资队伍建设等工作，负责《金融市场研究》的编辑、发行及相关学术交流活动。
技术部是协会负责信息化建设总体规划、控制信息技术和安全标准的职能部门，具有规划协会信息化建设、研究相关技术标准、推进信息化建设、保障信息安全、承担电子信息类办公保障等职能。
财务管理部是协会秘书处负责财务管理和会计核算的职能部门，具体承担建立和实施财务会计规章制度，组织开展会计核算、财务预决算、筹融资和税收筹划管理等工作，同时具有构建协会系统财务管理体系并组织实施财务分析等职能。
审计部是协会秘书处负责协会系统内部审计工作的职能部门，主要承担拟定协会内审工作规章、制度，监督、检查、评价协会系统财务收支、经济活动、业务活动、内部控制、风险管理及工作人员履行职责情况，指导、监督、管理协会系统内审工作等职能。
人力资源部（党委组织部）是协会秘书处负责组织工作、干部工作和人力资源管理工作的职能部门，具有深入贯彻新时代党的组织路线和认真贯彻执行党的干部工作路线方针政策、实施协会人力资源发展战略、构建协会人力资源管理体系、加强协会系统人力资源管理等职能。
纪检监察办公室是协会秘书处负责协会系统党风廉政建设工作的职能部门，主要承担党风党纪教育、廉洁自律建设、调查处理违纪案件，以及受理有关控告、检举、申诉等工作，并对贯彻执行国家政策、法律法规情况进行监督。
行政事务部是协会秘书处负责行政后勤保障服务的职能部门，承担日常行政服务、资产统筹、基建工程、物业服务、安全保卫等方面的工作，具有服务、保障、管理等职能。
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